Чакра
Основа даже самого элементарного дзюцу — это смесь духовной энергии и энергии, присутствующей в каждой клетке тела, полученной благодаря тренировкам и жизненному опыту. Соединив их, смесь можно направить через систему циркуляции чакры (которая аналогична системе циркуляции крови) к любому из 361 выхода (яп. 点穴 тенкецу?) на теле человека. Это происходит благодаря различным методам, из которых самый используемый — это особое положение пальцев и кистей рук, дающее возможность управлять чакрой и добиваться эффектов, которые иначе не были бы достигнуты (например, ходьба по воде).
В зависимости от соотношения смешанной физической и духовной энергии, могут быть сформированы различные типы чакры. Простейшая чакра, использующаяся для фундаментальных дзюцу — самый распространённый продукт этого. Кроме того, чакра большинства ниндзя включает в себя элемент одной из пяти природных стихий (по очереди: огонь, ветер, молния, земля и вода), хотя были случаи, когда такой обладатель имел возможность создать второй компонент, отличный от собственного. Каждый элемент превосходит по силе последующий и слаб против предыдущего (например, ветер слаб против огня и эффективен против молнии). Вдобавок, каждой стихийной технике может противостоять равное или более мощное дзюцу с таким же элементом.
Немногие кэккэй гэнкай через смесь основных стихий могут создавать уникальные элементы, типа дерева (земля+вода) или льда (ветер+вода). В тоже время, некоторые ниндзя, овладевшие двумя типами чакры, не в состоянии объединить их. Также Ямато упоминает о светлой и тёмной чакре, но не уточняет, для чего они нужны
